挑战：改革面临多方阻力
从目前来看，政府改革的未来依然是任重道远，面临着广泛的挑战。
基本的挑战来自经济体制改革并未到位，局部改革思路依然缺乏明确的思路，而且进一步的改革正在面临着多方面的阻力。
比如，政府与国有企业的关系。国有企业资产和政府非经营性资产是什么关系，国有企业收入与政府财政收入是什么关系，到底是经济问题，行政问题，还是政治问题，或者是法律问题，都需要认真研究。这个方面如果没有理论的突破，政府与企业扯不断、理还乱的关系，也很难得到理顺，政企分开会面临很大的阻力。
其次，政事分开也面临着很大的挑战。政事分开，一直是我国事业单位改革的基本目标。其基本的思路也很明确，如把主要承担行政职能的事业单位，转变为行政机构，或者将行政职能划归行政机构；把主要从事生产经营活动的，转变为企业，走向市场；主要从事公益服务的事业单位，强化公益性，加强政府监管。但改革面临很大的阻力。如，事业单位机构和编制控制的不够严格，于是事业单位成了变相的机构膨胀。事业单位本身处于大规模发展时期，公共卫生服务、教育服务和公共文化服务，以及体育和科研等，都面临着高质量发展和服务均等化任务。
比如体育的举国体制。2008年奥运会，我国代表团金牌数量世界第一，与现行政事不分的举国体制有很大的关系。如果要进行改革，政事分开，政府的体育机构转变为体育协会，体育从政府机构转变为事业单位，有商业化潜力的转变为企业化运作，可以争金牌但缺乏市场潜力的，作为事业单位获得政府补助，政府的重点是促进全民体育运动，增强国民素质。这一改革，有利于人民身体健康，有利于政府转变职能，但很有可能不利于金牌数量。一旦政事分开，举国体制转变为民间事业单位独立发展的格局，其结果很可能公共服务业得到均等化的普遍发展。
第三，政府与市场中介组织的分开，也面临挑战。市场经济的发展，需要公民社会的发展，市场经济的发展，势必推动市场中介组织的发展。这是西方社会发展的规律。但在我国，这一规律有了新的内容。很多政府举办的市场中介组织，实际上处于准政府机构的位置，他们有行政级别，有的是副部级，任职的会长往往有部长副部长的经历，大多是事业编制，缺乏服务能力，基本上是依靠国家的拨款，以及垄断地位谋取组织利益来维持生存。这些中介组织实际上是官员的养老组织。实行政府与市场中介组织分开，实际上是把这些组织推向社会，取消其养老功能，让其自生自灭。在这些组织本身缺乏生存能力的情况下，实施改革，实际上就是一场利益革命。这显然是政府与市场中介组织关系改革的重要障碍。
第四，中央政府的职能框架有了明确的定位，但地方政府依然没有很好的定位。如很多地方政府的核心职能依然是招商引资，发展是其核心职能。
第五，从机构改革来看，在政府职能转变没有到位的情况下，机构改革也很难进一步推进，只能逐步推进。目前依然需要继续推进经济改革，规范行业部门；重点推进事业单位改革，改革公共服务部门；理清和规范部门之间的关系，调整中央与地方关系，给地方政府以更多的自主权，实行地方自治。
第六，从法治政府建设的角度来看，法治政府建设的关键是，政府要有明确的守法观念，而且不能仅仅依靠政府的自觉行动，还要有外在的审查和监督机制。比如立法机关要对行政机关的行政立法行为和行政执法行为进行合宪性和合法性审查。司法机关要对行政机关实现有力的司法监督。其中更重要的是，要从技术上完善法治政府的法律体系，如激活宪法和组织法，并从程序上建立法治政府的程序法基础，如制定行政程序法，完善行政诉讼制度等。
最后，从行政问责制和监督制度角度来看，目前关键问题是，问责本身有很大的随意性和人为色彩，有很强的风暴色彩，没有日常化。监督制度的最大问题是，监督和被监督方往往缺乏力量上的对称性，监督软弱，其效力往往取决于被监督方的主动接受。监督制度的完善，关键是需要进行政治体制改革，给监督方以力量，才是根本。
